Karaköy semtinde bulunan okul binaları 1875-1880 yılları arasında  inşa edilmiştir. Mimarı Saint-Benoît mezunu olan ve Paris’te mimarlık eğitimi gören Alphonse Cingria’dır. 1914 tarihinde kapatılan okul askerî hastane olarak kullanılmış ve bu dönemde dış cepheye müdahale edilerek sarıya boyanmıştır. Bir süre  İstanbul Erkek Lisesi olan kullanılan bina  1919 yılında Fransız rahip ve rahibelerinin dönüşüyle Saint-Benoît Lisesi  tekrar açılmıştır.